商转公贷款目前有两种办理方式,一种是先还后贷方式,另一种是以贷冲贷方式，先还后贷方式是指借款人先要自筹资金还清商贷并办理担保手续后，再发放商转公贷款。 以贷冲贷方式是指借款人将商贷本息余额大于商转公贷款差额提前还清，并办理担保手续，中心发放商转公贷款，借款人、担保公司、银行共同配合用商转公贷款还清商贷并办理住房抵押反担保手续。
商转公办理流程
1、到公积金管理中心领取申请审批表
2、原商业贷款银行在申请表上证实商业贷款本金金额及有无逾期等情况
3、中心审批并指定办理公积金委托贷款的银行网点
4、借款申请人将房屋所有权证原件交与担保公司总部，并用自有资金或用担保公司的资金将原商业贷款还清
5、申请人将原商业贷款的他项权证，他项权利注销申请表交给担保公司
6、担保公司为贷款人办理公积金贷款担保手续
7、委托银行网点办理公积金房贷手续并将借款人的借款划给担保公司
8、担保公司为借款人办理原商业贷款他项权利注销及公积金贷款抵押反担保的他项权利登记手续
9、担保公司通知借款人取回房屋所有权证
10、借款人用公积金借款归还担保公司所借资金
武汉商转公办理流程
一、贷款咨询，提交申请
转贷人到原商贷银行咨询，领取《个人住房公积金转贷资料夹》，按要求填写完毕，并连同以下资料一同提交原商贷银行：1、借款人及卖方夫妻双方身份证、户口簿原件及复印件;2、婚姻状况证明原件及复印件(单身证明由民政部门出具);3、原商贷所购房屋的《房屋所有权证》、《国有土地使用证》原件及复印件;4、办理原商贷的《借款抵押合同》原件和《商品(经济)房购销合同》或《存量房买卖合同》复印件5、由管理中心认可的房屋评估机构出具的《房屋估价报告书》(二手房商贷转公积金贷款);6、房屋产权共有人出具经公证的同意抵押的具结书;7、管理中心和受托银行要求提供的其他证明材料。
二、贷款受理
1.受托银行与借款申请人进行面谈，审核其提交的申请资料;
2.查询并打印借款人及配偶的《个人信用报告》，审核夫妻双方个人信用情况、房贷情况;
3.受托银行通过房产部门对借款申请人进行“家庭住房信息查询”;
4.对符合贷款条件的借款人，受托银行在公积金系统中进行贷前试算，根据试算结果和还贷能力，与借款人商议确定贷款额度、期限、利率以及还款方式;
5.受托银行在公积金系统中进行初审，初审未通过的，及时通知借款人并告知原因。
三、办理担保：对初审通过的转公积金贷款,由银行工作人员通知转贷人持下列资料到担保公司办理担保手续：1.转贷人及配偶的身份证、结婚证原件及复印件(转贷人为单身的由民政部门出具单身证明);2.原商贷所购房屋的《房屋所有权证》及《国有土地使用证》原件;3.受托银行加盖公章的《贷款审批信息确认表》
四、签订合同：转贷人凭担保公司出具的《阶段性担保函》与贷款银行签订《借款合同》、《抵押合同》。
五、预存资金：转贷人将原商贷余额与转贷的差额部分，用自有资金存入转贷银行开立的存款专户，用于提前结清原商业贷款。
六、贷款发放：管理中心发放贷款资金，由转贷银行通知转贷借款人将公积金贷款资金和借款人预存资金同时结清原商业贷款。
七、办理抵押：由担保公司代为办理原商业贷款房产抵押注销手续，并办妥转公积金贷款抵押登记手续(此程序由担保公司办理)
东莞商转公办理流程
办理流程：申请人携带规定资料前往东莞住房公积金中心提出商转公“先还后贷”即可，东莞商转公先还后贷办理流程：1.申请人到办事处提出申请，2.办事处复核通过后出具《东莞市商转公贷款确认书》，3.申请人自筹资金还清商贷、注销原商贷抵押登记，原商贷抵押登记注销后，申请人到办事处申请商转公贷款，4.办事处受理，审核，5.申请人到受托银行签订合同，6.受托银行送有关资料到房管部门重新办理抵押登记，7.受托银行发放贷款。
合肥商转公办理流程
(一)担保审批阶段：1、申贷人咨询，填写商转公申报表;2、申贷人前往合肥市住房公积金管理中心(以下称管理中心)营业大厅2楼担保公司柜台处进行商转公担保申请，担保公司初审;管理中心复审，确定转贷金额;3、申贷人自行结清原商业贷款剩余本息，并注销原“房地产他项权证”。
(二)申请转贷阶段： 1、申贷人凭原商业贷款结清凭证等转贷资料至担保公司申请转贷，签署合同等相关资料;2、银行征信查询，管理中心审核，担保公司陪同申贷人办理房屋抵押登记手续;3、房屋抵押登记手续完成后(以管理中心确认为准)，担保公司收押他项权证，管理中心放款。